公司注销的难点主要是以下几个：
1、 材料不齐不能注销
想一次性搞定公司注销手续，材料齐全很关键，营业执照、公司印章不能少，公司近三年的账本、税盘、发票等财会资料也得备齐。有些老板在日常经营中不注意保管资料导致遗失，需要补齐完整才能注销。
2、 工商异常不能注销
有些公司注销被驳回，是因为在市场监督管理局的经营异常名录中，根据规定存在工商异常的公司无法直接退市。造成工商异常的原因不少，主要是未按时提交工商年报和异地开展业务活动，需要解除异常才能注销。
3、 税务异常不能注销
公司成立后不经营并长期未进行纳税申报，长期进行零申报，虚假申报或缴税出现异常等，都有可能被税务部门列入纳税非正常户名单，根据规定存在税务异常情况的公司也无法直接注销，需要作出整改解除异常状态才能注销。
